当協会は、昭和４０年代に河川や港湾において、有機水銀などの有害化学物質による汚染が社会的問題となり、取りわけ、水俣湾の有機水銀により汚染された底質の処理技術を開発するため、昭和５０年３月に設立されました。

以来、霞ヶ浦、手賀沼や東京湾などにおいて、底質の処理技術の開発を行ってきました。また、河川や港湾で関わりのある有害物質は、「海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律」でアルキル水銀化合物をはじめ３２種類が此までに指定され、指定とともに河川や港湾の整備に必要不可欠となる有害物質の処理技術の開発にも取り組んでいます。

最近では、ダイオキシン類について、処理技術の調査研究に取り組んでおり、その成果は「ダイオキシン類汚染底質の対策技術ガイドブック」（改訂第２版）としてまとめています。さらに、今世紀の課題である地球環境の保全・改善や水域環境の再生・創造、生物共生等の技術開発についても、積極的に取り組んでいます。

・昭和４８年８月　「全国河川・海域ヘドロ処理協会」として発足する。
・昭和５０年３月　運輸・建設両省の共管公益法人「社団法人底質浄化協会」となる。